BIOINFORMATIQUE MOLECULAIRE Analyse des séquences nucléiques et protéiques
Biotechnologies
Objectifs
Découverte des outils et ressources bio-informatiques publiques pour mener une analyse de séquences
Savoir utiliser les logiciels de prédiction de gènes et d'annotation de protéines
Contenu pédagogique
- Rappel des bases de données nucléiques existantes.
- Génomes annotés tels que ENSEMBL, GOLD, NCBI…
- Spécialités telles que GISAID…
- Généralistes telles que Genbank, EMBL…
- La nature d’informations stockées sur les bases de données
- Les méthodes d’interrogations de ces bases (par mot-clés, par analyse de la séquence).
- L’influence des paramètres des outils sur la recherche : dans une optique de rechercher la copie d’un gène dans un génome, aligner des ensembles de gènes au format FASTA, analyse multigénomes…
- Les bases de données protéiques existantes: UniprotKB, NCBI
- L’analyse des séquences nucléiques (et protéiques).
- Revue des différents outils permettant l’analyse de séquences avec un focus particulier sur:
- l’alignement de séquences et la recherche de séquences homologues.
- le design de primers: les outils existants, les paramètres à prendre en compte lors d’une recherche…
- Etudes de cas et application ces outils à partir de cas précis:
- recherche de gènes communs entre plusieurs souches ou encore spécifiques à une seule
- impact de mutations sur la séquence nucléique, sur la séquence protéique
- recherche à partir d’une séquence des gènes mono-copies, 2 copies, multicopies