COMMENT IDENTIFIER UNE BACTERIE ET DECRYPTER LES RESULTATS D’IDENTIFICATION ?
Biotechnologies
Objectifs
- Définir le rôle de l’identification et le replacer dans le contexte évolutif des microorganismes
- Apprendre à construire un diagnostic permettant d’identifier un microorganisme inconnu en intégrant une multitude d’informations
- Evaluer l’apport de quelques techniques utilisées en routine : auxanogramme, PCR, croissance, séquençage, tests immunochimiques
Contenu pédagogique
THÉORIE
- Les enjeux de l’identification. Rappels taxonomiques et métaboliques
- Evolution et adaptation : comment gérer cette contrainte en identification ? L’exemple des antibiotiques
- Quelques méthodes d’identification génétique : contexte d’utilisation, force et faiblesse.
- Taxonomie, identification, caractérisation : application à quelques grands groupes microbiens : entérobactéries, Pseudomonas, coques à Gram positif, Bacillus, Legionella.
- La conservation des souches est-elle compatible avec l’identification et/ou la caractérisation ?
TRAVAUX PRATIQUES
- Suivi de microorganismes issus de différents échantillons : lait cru, eau depuis leur isolement jusqu’à leur identification formelle
- Confrontation des informations bibliographiques et des contraintes environnementales associées aux prélèvements (paramètres physico-chimiques, zone de production)
- Déroulé de l’arbre de décision sur la base de tests biochimiques et classiques (Gram, auxanogramme, croissance dans différentes conditions), PCR et de résultats de séquençage