METHODES MODERNES D’IDENTIFICATION DES MICRO-ORGANISMES
Biotechnologies
Objectifs
Initier les participants aux techniques modernes et rapides de dénombrement et d’identification bactérienne.
Contenu pédagogique
Introduction
- Structure de la cellule et rappels sur les bactéries et champignons
Approches moléculaires dans l’identification : La PCR
- Principe de la PCR
- Point clefs du développement d’une approche PCR
- Autres PCR (PCR multiplexe, RT PCR)
- Choix de la cible
- Choix des amorces
- Limites de la PCR, faux positifs, faux négatifs
- Applications aux microorganismes : Bactérie et champignons
Approches moléculaires dans l’identification : La qPCR
- Principe de la qPCR
- Les sondes utilisables
- Choix des amorces
- Interprétation des résultats
- RT-qPCR
- Bonnes pratiques de laboratoire et guideline MIQE
Autres approches modernes d’identification, avantages, limites et applications
- Puces à ADN a usage diagnostic
- MLST
- Maldi-Tof
Mise en situation pratique
- Extraction d’ADN d’une bactérie (présentation de différents protocoles possibles)
- PCR Genre spécifique et PCR 16S (comparaison des 2 approches)
- Vérification sur gel d’électrophorèse
- Analyses de séquences et interprétation des résultats